El lugar exacto donde se ubicaba esta antigua ermita no es conocido. La toponimia (valle de Santo Tomé) lleva a situarlo en este pequeño valle próximo a la cueva de San Genadio.
El lugar exacto donde se ubicaba este antiguo monasterio, transformado con posterioridad en ermita, es desconocido. De forma general se conoce su ubicación en el valle de San Andrés, donde existe un paraje denominado la Ermita.
Afloramientos rocosos en disposición lineal (dirección este-oeste) y de pequeña extensión, que afloran ligeramente del suelo (menos de 0,50 m), a modo de pequeñas crestas.
Cerro situado entre el río Meruelo (por el este) y su afluente el arroyo de la Iruela (norte y oeste), constituido por un afloramiento rocoso en la cima que desciende hacia estas corrientes de agua con laderas de fuerte pendiente. Su emplazamiento puede definirse como de horquilla.
Cueva natural con boca de dimensiones amplias, pero escaso desarrollo practicable en profundidad (menos de 10 m) y estrecha. Hay una galería de reducidas dimensiones (gatera), a media altura, en el fondo, que parece penetrar a mayor profundidad en la veta caliza.
Estructuras arquitectónicas de la antigua ermita. Se organiza en dos naves alargadas, paralelas, separadas por una pared y comunicadas tan solo en la zona de los pies; cada una contaba con un altar.
Bloque pétreo incrustado en el suelo que se ubica en el extremo de un crestón rocoso en la ladera del monte que domina por el sur el valle de Montes de Valdueza.
